【離婚】 別居後でも婚姻中は不倫になってしまいますか？

実質的に婚姻関係が破たんしていた場合には、破たん後に始まった交際は不貞行為とみなされないですが、ある程度慎重に行動されることをお勧めします。
というのは、この実質的な破たん関係の確固たる認定基準がある訳ではありませんので、単なる別居期間の長短等だけで判断をしてしまうのは危険です。

相手方の行為が原因で別居が始まったとしても、実質的な婚姻関係が破綻したといえないようなケースでは、こちらが新たに交際を始めたということで、決定的な離婚原因を作ったの（＝「有責配偶者」）はそちらだと相手方に主張されるのリスクもありますので、離婚が成立するまでは慎重に行動ください。