おおまかに遺産はどのように整理していけばよいのでしょうか？

まず資産や負債など全ての遺産を洗い出し、正味財産がどれだけあるかをまとめます。
それにより相続税の申告・納税義務の有無が分かりますので、相続税が発生する場合は、節税の観点も考慮しながら相続人全員の希望と被相続人の遺志を汲んでどのように遺産を分けるかを決定します（遺産分割協議）。
その協議による合意内容に従い、不動産は相続登記手続きをしますし、預貯金口座は解約して口座を移す作業をします。
相続税の申告・納税義務が発生する場合は、相続発生後10ヶ月以内に申告手続きをします。